מט"ש קיבוץ איילון מטפל בהצלחה בתערובת השפכים המגיעה ממפעל הקיבוץ (עשירה בתמלחות), הרפת (עתירת זרחן ואמוניה) והשפכים הביתיים.
המט"ש פועל בספיקה ממוצעת של 513 מק"י.